El 19 de agosto de 1942, un oficial canadiense llevó a la batalla una copia de las órdenes operativas para el desembarco en Dieppe. El documento terminó cayendo en manos alemanas y llegó hasta el cuartel general de Hitler. Las órdenes daban instrucciones sobre cómo atar a los prisioneros, hecho que iba en contra de la Convención de Ginebra. Enfurecido por esta orden, Hitler ordenó que los comandos que fuesen capturados en Europa y África debían ser ejecutados. Esta orden fue emitida el 18 de octubre de 1942 y establecía que cualquier comando tenía que ser ejecutado incluso aunque se hubiese rendido y vistiese su uniforme. Así pues, los comandos debían ser trasladados a las dependencias del servicio de seguridad de las SS (denominado SD) para ser ejecutados sin juicio previo.

La orden debía ser cumplida y si era ignorada, sería castigada de acuerdo con las disposiciones del Código Alemán de Justicia Militar. La Kommandobefehl se le aplicó a numerosos integrantes de las fuerzas especiales de los aliados: miembros de la OSS, comandos, fuerzas del SAS e incluso personal de las Fuerzas Aéreas. El procedimiento habitual era entregar a los miembros de las fuerzas especiales capturados a la SD o a la Gestapo para que se encargasen de su ejecución.

Esta orden fue dictada en secreto para los altos mandos alemanes, de ahí que tan solo se repartieron 12 copias de la misma. Era claramente contraria a la Convención de Ginebra, que disponía que se debía dar cuartel a los prisioneros de guerra y tratarlos humanitariamente. Al ser Alemania un país que había suscrito la Convención, la Orden de los Comandos era una clara violación de la Convención de Ginebra. Bien es cierto que la Convención si que permitía la ejecución de saboteadores y espías que vistiesen ropas civiles o uniformes propios del enemigo, sin embargo no autorizaba la ejecución de aquellos prisioneros que vistiesen sus propios uniformes.

Por otra parte, el legendario zorro del desierto, el general alemán Erwin Rommel, actuó de acuerdo con lo establecido en la Convención de Ginebra y no aplicó la llamada Orden de los Comandos. No todos los comandantes tuvieron el criterio de Rommel y muchos tuvieron que hacer frente a sus responsabilidades en los Juicios de Núremberg. Entre los hallados culpables se hallaba el general Jodl, que fue responsable de aplicar la Kommandobefehl y de otros crímenes de guerra, lo que le valió ser enviado a la horca en 1946.