A pesar de ello, los alemanes, estaban decididos a golpear en un lugar tan emblemático. No era la primera vez que lo intentaban, pues ya habían fracasado en dos ocasiones durante la Primera Guerra Mundial.
Los alemanes se percataron de una brecha en la seguridad británica. Solo cuatro buques guardaban la zona este de Kirk Sound, donde no se habían instalado redes. Todo ello dejaba abierto un corredor de 170 metros de ancho con una profundidad máxima de 9 metros. Asimismo, dicha zona estaba despoblada, lo que añadía más posibilidades de éxito a una incursión.
Para atacar Scapa Flow, el mando alemán eligió al capitán Günther Prien, un destacado y competente oficial naval de la Kriegsmarine. Cartas de navegación, fotografías de reconocimiento aéreo e informes de inteligencia fueron puestos a disposición de Prien, quien terminó aceptando tan arriesgada misión. La incursión fue bautizada como Operación Baldur.
Prien estaba de acuerdo con el plan de Dönitz, que consistía en servirse de la marea alta para internarse en Scapa Flow. Se eligió como fecha el 13 de octubre, pues sería posible adentrarse al amparo de la oscuridad al haber luna nueva.
El 8 de octubre de 1939, el sumergible U-47 partió del puerto de Kiel rumbo a Scapa Flow. La borrasca contribuyó a ocultar el submarino germano. Después de cuatro días de travesía, los alemanes se situaron en las proximidades de la base naval británica.
A las 04:00 horas el U-47 realizó la inmersión y Prien reveló todos los detalles de la misión a su tripulación. Se ordenó a los hombres que descansasen, evitasen hacer esfuerzos y que no fumasen para ahorrar el máximo posible de oxígeno. Incluso las botas fueron envueltas con trapos para evitar ser descubiertos por los precisos sistemas de detección británicos, que descubrían hasta el más pequeño ruido.
A las 19:00 horas, los hombres del U-47, a través del periscopio vislumbraron una noche oscura y libre de amenazas. El submarino salió a la superficie y avanzó. El puerto quedó iluminado por la luz de la aurora boreal. Semejante iluminación ponía en riesgo la misión del U-47.
A pesar de ello, el submarino siguió avanzando, emergiendo y sumergiéndose a través de Holm Sond, la entrada ubicada al este de Scapa Flow. El U-47 estuvo a punto de colisionar con uno de los buques hundidos y, tras una maniobra bastante salvaje, el buque quedó encallado. Prien indicó a sus hombres que girasen todo a babor y consiguieron escapar hasta llegar a Scapa Flow. Sin embargo, al observar el panorama desde el periscopio, descubrió que no había ningún barco enemigo.
Un ataque anterior de la Luftwaffe a Scapa Flow había llevado a los británicos a desviar sus barcos a Loch Ewe. Prien no había sido informado de los ataques aéreos de la Luftwaffe a Scapa Flow.
Prien prosiguió buscando a través de la bahía. Descubrió un buque de la Guardia Costera, un objetivo poco importante. Después, detectó dos barcos de guerra, también divisó unos cuántos destructores. El capitán alemán optó por atacar los barcos de mayor tonelaje.
Así, sobre las 00:15 horas, el U-47 apuntó sus torpedos contra el acorazado HMS Royal Oak y contra el portahidroaviones HMS Pegasus. De cuatro torpedos disparados, uno se atascó en el tubo.
El HMS Royal Oak.
Los torpedos impactaron en el Royal Oak ante la estupefacción de su tripulación. Nadie imaginaba que pudiera tratase de un ataque, pues consideraban que debía ser fruto de una explosión de pequeña importancia. Prien siguió disparando torpedos, alcanzando de lleno el casco del acorazado Royal Oak.
Se produjo una gran explosión en el Royal Oak y el agua entró a raudales en el barco. Tras escorarse, el acorazado comenzó se fue a pique unos trece minutos después de ser disparado el primer torpedo.
Prien decidió que era el momento de escapar. La marea no era la adecuada y la contracorriente empujaba al submarino alemán fuera de su trayectoria. Para huir, navegaron hasta un corredor más ancho ubicado al sur de Kirk Sound.
A escasa profundidad, el sumergible consiguió abrirse paso en el estrecho hueco que quedaba entre un barco hundido y la costa. Sin embargo, los destructores británicos salieron a la caza del U-47, persiguiéndolo en mar abierto y lanzando cargas de superficie para forzarlo a emerger.
A pesar de ello, el U-47 logró escapar y llegó a Wilhelmshaven el 17 de octubre de 1939. Tras un desfile de honor en Berlín, la tripulación del U-47 acudió a una cena de gala con Hitler, quien condecoró a todos ellos con la Cruz de Hierro.
El capitán Prien se convertiría en todo un héroe en Alemania, aunque su suerte se acabó el 7 de marzo de 1941, cuando el submarino U-47 fue hundido al ser alcanzado por las cargas de profundidad lanzadas por un destructor británico.
El capitán Günther Prien.